การขนส่งในอินโดนีเซียมีกระจายในเกาะว่า 1,000 แห่งของประเทศแต่เกาะที่มีปริมาษณการขน่งที่หนาแน่นที่สุดคือเกาะชวา ประเทศอินโดนีเซีย มีการขนส่งครบทุกรูปแบบโดยที่มีมากที่สุดคือ ถนน มีครอบคลุมทั้งทั้งประเทศกว่า 440,000กิโลเมตร ในปี ค.ศ. 2008 ส่วนการขน่งระบบรางมีเฉพาะในเกาะชวาและเกาะสุมาตรา การขนส่งทางทะเลเนืองจากเป็นประเทศหมู่เกาะจึงเป็นศูนย์การขนส่งทางทะเลที่สำคัญแห่งหนึ่งโดยในแต่ละเกาะจะมีเมืองท่าอย่างน้อย 1 แห่ง ส่วนการขนส่งทางแม่น้ำ พบได้ในสุมาตราตะวันออกและกาลีมันตัน และการขนส่งทางอากาศมีสายการบินให้บริการมากมาย และมีท่าอากาศยานครอบคลุมทั่วประเทศ
เนื่องจากประเทศอินโดนีเซียเป็นประเทศหมู่เกาะขนาดใหญ่ จึงมีการขนส่งทางเรือในเกือบทุกส่วนของประเทศ ส่วนใหญ่มักจะเป็นเรือบรรจุกล่องสินค้ากับเรือขนส่งผู้โดยสาร เรือที่เป็นที่รู้จักกันมากที่สุด คือ เรือปีนีซีแบบดั้งเดิม ทำด้วยไม้มักใช้ในการขนส่งสินค้าระหว่างปมู่เกาะสำคัญต่างๆ มีท่าเรือที่สำคัญได้แก่ ท่าเรือซุนดาเกอลาปาในจากาตาร์และท่าเรือ ปาโอเตเรในมากัสซาร์
เรือข้ามฟากมีให้บริการตามเกาะหลักต่างๆ มักเดินเรือในระยะสั้งระหว่างเกาะสุมตรา เกาะชวา และเกาะบาหลี เรือข้ามฟากมีให้บริการตลอดวันนอกจากนั้มเรือข้ามฟากระหวา่งประเทศไปยังมาเลเซีย(ช่องแคบมะละกา)และสิงคโปร์อีกด้วย นอกจากนี้ยังมีเรือขนส่งผุ้โดยสารไปยังพื้นที่ห่างไกลโดยเฉพาะหมู่เกาะทางตะวันออกของประเทศ คือเรือเป็ลนีใช้เวลาในการเดินทางประมาณ 2-4 สัปดาห์ ในบางเกาะ ใช้แม่น้ำเป็นทางสัญจรหลัก เช่น ภูมิภาค กาลีมันตัน มีเรือยาวให้บริการตามแม่น้ำ เป็นต้น
การขนส่งทางน้ำ อินโดนีเซียมีทางน้ำที่ใช้สัญจรได้ถึง 21,579 กิโลเมตร(ข้ทมูลปี ค.ศ.2005 ซึ่งครึ่งหนึ่งอยู่ในภูมิภาคกาลีมันตัน และอีกครึ่งหนึ่งอยู่บนเกาะสุมตราและเกาปาปัว ทางน้ำเป็นทางสัญจรหลักของผุ้คนบนเกาะกาลีมันตันและเกาะปาปัวซึ่งมีระบบถนนที่ยังไม่ค่อยดีนัก ต่างจากเกาะชวาและเกาะสุมาตราซึ่งเป็นเกาะที่มีำารพัฒนาสูงประเทศอินโดนีเซียติดอันดับที่ 7 ในด้านประเทศที่มีทางน้ำยาวที่สุดในโลก เมืองท่าที่สำคัญได้แก่ เมืองจีลสัป,จีเรอบน, จาการ์ตา, กูปัง, ปาเล็มบัง, เซอมารัง, ซูราบายาและมากัสซาร์ ท่าเรือส่วนใหญ่ดำเนินงานโดยบริษัทการท่าเรืออินโดนีเซีย ซึ่งจะแบ่งการบริหารเป็น 4 ส่วนโดยเริ่มจากส่วนที่ 1 ทางภาคตะวันตกไปจนถึงส่วนที่ 4 ทางภาคตะวันออก
การขนส่งทางถนน การขนส่งทางบก มียานพาหนะที่หลากหลายมากมาย รถโดยสารประจำทางส่วนใหญ่มีให้บริการบนเกาะสุมาตรา เกาะชวา เกาะบาหลี บางสายให้บริการแบบรถด่วน ไม่หยุดรับ
ส่งผู้โดยสารจนกว่าจะถึงสถานีปลายทาง ส่วนรถมินิบัส มีให้บริการระว่างหมู่บ้านหรือเมืองเล็กๆ เท่านั้น ในเมืองใหญ่ๆ หลายแห่งมีรถแท็กซี่วิ่งให้บริการโดยเฉพาะในจาการ์ตาจะมีรถโดยสารประจำทางของโกปาจาและรถโดยสารประจำทางด่วนพิเศษ ทรานส์จากการ์ตา ยานพาหนะอื่นๆ อาทิเช่น รถตุ๊กตุ๊ก(บาจัจ), รถสามล้อ(เบอจะก์) ถูกห้ามในพื้นที่ส่วนใหญ่ของจาการ์ตา
ประเทศอินโดนีเซีย เป้นหนึ่งในประเทศที่มีการจราจรติดขัดที่สุดในโลก โดยเฉพาะในจากการ์ตาซึ่งขึ้นชื่อเรือ่งการจราจรติดขัดที่สุด เนื่องจากมีปริมาณรถยนต์ท่ใช้งานมากกว่าปริมาถนนที่มีอยู่ ทางหลวงสายหลักของประเทศ ได้แก่ ทางหลวงเอเชียสาย 2 และทางหลวงสายทรานส์ - สุมาตรา อินโดฯ มีถนนลาดยางสองแสนกว่ากิโลเมตร ส่วนที่เหลืออีกราวหนึ่งแสนห้าหมื่นกิโลเมตรไม่ได้ลาดยาง(สถิติปี ค.ศ. 2002)
อินโดนีเซียมีทางหลวงอยู่หลายสาย ส่วนใกญ่จะเป็ฯทางหลวงแผ่นดินซึ่งมีอยู่ทั่วไปบนเกาะชวา เกาะสุมาตรา และบางส่วนเป็นทางพิเศษซึ่งทางพิเศษที่มีกรเก็บค่าผ่านทางแพงที่สุด คือ ทางพิเศษจีปูลารัง ซึ่งเชื่อมระหว่าง จากการ์ตา-บันดุง ส่วนระบบขนส่งและจราจรอัจฉริยะ(ITS) ถูกนำมาใช้งานครั้งแรกปี 2012
การขนส่งทางราง โครงข่ายรถไฟส่วนใหญ่จะอยู่บนเกาะชวา โดยบนเกาะชวา จะมีทางรถไฟสายหลักอยู่ 2 สาย และสายย่อยอีกหลายสาย มีให้บริการทั้งรถไฟโดยสารและรถไๆฟสินค้านอกจากนี้ยังมีรถไฟชานเมืองวิ่งให้บริการในเขตกรุงจากการ์๖า เรียกว่า เคอาร์แอล จาโบตาเบะก์ และอีกเมืองคือซูราบายา ในปี ค.ศ. 2008 รัฐบาลมีโครงการก่อสร้างรถไฟฟ้าเชื่อมท่า
การขนส่งทางอากาศ การขนส่งทางอกาศในอินโดนีเซยมีอยู่ค่อนข้างมาก เรพาะใช้เชื่อมต่อระหว่างเกาะต่างๆ พันเกาะของอินโดนีเซย ช่วงปี ค.ศ. 2009-2013 มีผุ้โดยสารใช้บริการขนส่งทางอากาศเพิ่มขึ้นร้อยละ 43 โดยเพิ่มจากห้าสิบเก้าล้านคนเป็นแปดสิบห้าล้านคน
ท่าอากาศยานนานาชาติซูการ์โน-ฮัตตาของจาการ์ตา เป็นสนามบินที่มีความสำคัญมากที่สุดในประเทศ แต่อย่างไรก็ตาม สนามบินส่วนใหญ่ของอินโดนีเซียบังอยู่ในสภาพที่ไม่ค่อยจะดีนัก ทำให้เป็นหนึ่งในประเทศที่มีความปลอดภัยด้านอากาศยานที่น้อยที่สุด อนึ่งประเทศอินโดนีเซียมีสนามบินทั้งหมด 676 แห่ง(ค.ศ.2012)...
ประเทศอินโดนีเซียมีประชากร 250 ล้านคน มากเป็นอันดับที่ 4 ของโลก รองจาก จีน อินเดียและสหรัฐอเมริกา แต่เศรษฐกิจของประเทศอินโดนีเซียมีขนาดใหย๋เป็นอันดับที่ 16 ของโลก จึงได้รับสมญานามว่า "ยักษ์หลับของเอเชีย" ด้วยที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ ความเชื่อมโยงที่เข้มแข็.กับจีน และสถานะการประเทศผุ้ผลิตสินค้าอุปโภคบริโภค อินโดนีเซียถูกจัดให้อยู่ในกลุ่มประเทศที่มีศักยภาพการพัฒนาใน 20 ปี ข้างหน้าที่เรียกว่า MINT ประกอบด้วยเม็กซิโก อินโดนิเซีย ไนจีเรีย และตุรกี ทั้งนี การไปสู่ศักยภาพดังกล่าว จำเป็นต้องพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานใหม่ๆ เป็นอันมาก
กรุงจาร์กาตาของประเทศอินโดนีเซียเป็นเมืองที่มีความแตกต่างหลากหลายโดยมีทั้งรีสอร์ทริมชายหาดอันหรูหราและย่านพักอาศัยที่ยากจนการเกินทางในจาการ์ตาเป็นเรื่องมี่ไม่สะดวกเนื่องจากปัญหาการจราจรติดขัดตลอดทั้งวันมลพิษทางอากาศและสภาพอากาศที่ร้อนตลอดจนอันตรายในการเดินข้ามถนนจาการ์ตามีประชกร 26 ล้านคน และมีการเติบโตขชองชนชัันกลางอย่างรวดเร็ว แต่ยังขาดระบบขนส่งมวลชนขนาดใกญ่แม้ว่ามีโครงข่ายรถไฟชานเมืองที่กว้างขวาง แต่การเชื่อมต่อระบบและการเข้าถึงยังขาดประสิทธิภาพ รถโดยสารประจำทางบางเส้นทางมีช่องทางพิเศษแต่ก็ยังได้รับผลกระทบจากปัญหาจราจร ประชาชนจำนวนมากจึงต้องเดินทางด้วยความยากลำบากหากไม่มีรถจักรยานยนต์และรถยนต์ส่วนบุคคล
สาถการณ์การขนส่งในกรุงจาการ์ตาได้ส่งผลกระทบต่อพื้นที่ที่เหลือของเกาะชวาซึ่งมีประชากรกว่า 135 ล้านคนและมีผลผลิตทางเศรษฐกิจคิดเป็นร้อยละ 60 ของประเทศแต่โครงสร้างพื้นฐานด้านการขนส่งยังไม่เพียงพอกับความต้องการอย่างมาก เมืองใหญ่อื่นๆ ได้แก่ บันดุง เซมารัง และสุราบายา ล้วนประสบกับปัญหาการจราจรติดขัดในขณะที่โครงข่ารถไฟระหว่างเมืองยังมีข้อจำกัด โดยยังเป็นรถไฟทางเดี่ยว มีขบงวนรถและระบบอาณัติสัญญาณที่ล้าใาัย มีเพียงถนนหลัก 2 สายที่เป็นเส้นทางขนส่งสำคัญของเกาะชวา การขาดแคลนโครงสร้างพื้นฐานส่งผลให้ต้นทุนด้านโลจิสติกส์เพิ่มสูงเป็นร้อยละ17 และส่งผลต่อราคาสินค้าภายในประเทศเพิ่มสูงขึ้น ในขะที่ประเทศพัฒนาแล้วมีต้นทุนโลจิสติกส์เพียงร้อยละ 10 อัตราการเติบโตทางเศรษฐกิจในปัจจุบันของประเทศอินโดนีเซียอยู่ที่ร้อยละ 6-6.5 แต่นักเศรษฐศาสตร์คาดการณ์ว่าสาถมารถเติบโตได้ถึงร้อยละ 7-9 หากโครงสร้างพื้นฐานได้รับการพัฒนาให้ดีขึ้น ที่ผ่านมารัฐบาลได้ลงทุนพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานประมาณร้อยละ 8 ของผลิตภัฒฑ์มวลรวมภายในประเทศ แต่หลังจากสภาวะเศรษฐกิจถอถอยของเอเซียทำให้การลงทุนพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานลดลง โดยเหลือเพียงร้อยละ 2.1 ในปี 2011
ปีต่อมาการลงทุนได้เพิ่มขึ้นเป็นร้อยละ 4 ของ GDP และคาดว่าจะเพิ่มขึ้นจากการริเริ่มแผนพัฒนาประเทศระยะกลาว วงเงิน 150,000 ล้านเหรียญสหรัฐ ปัจจุบันอยู่ในระหว่างการพัฒนาตามแผนแม่บทการเร่งรัดและขยายการพัฒนาเศรษฐกิจของอินโดนีเซีย วงเงิน 468,000 ล้านเหรียญสหรัฐ โดยมีเป้าหมายเพิ่ม GDP เป็น 4.5 ล้านล้านเหรียญสหรัฐภายในปี ค.ศ. 2025 และอินโดนีเซียจะต้องติดอันดับ 1 ใน 10 ประเทศชั้นนำทางเศรษฐกิจของโลก
รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคมของอินโดนีเซียกล่าวว่า ในปี 2557 งบประมาณสำหรับรถไฟจะมีจำนวนสูงที่สุดในกระทรวงคมนาคมเพื่อปรับเปลี่ยนรูปแบบการขนส่งจากทางถนนมาเป็นระบบราง ที่ผ่านมานโยบายการขนส่งมุ่งเน้นการพัฒนาทางถนนส่งผลให้ปัจจุบันต้องประสบปัญหาจราจรติดขัดบนทางหลวงสายหลักของอินโดนีเซียแนวทางนี้จะเป็นการแก้ปัญหาทั้งการเดินทางของผู้โดยสารและการขนส่งสินค้าวิสัยทัศน์ของอินโดนีเซียคือการมีโครงข่ายรถไฟเพื่อเป็นเส้นทางหลักสำหรับการขนส่งผุ้โดยสารและการขนส่งสินค้า
ขั้นตอนหลักในการบรรลุเป้าหมายดังกล่าวเริ่มต้นจากการเปิดให้บริการรถไฟรางคู่ช่วงกรุงจาการ์ตา-สุราบายาระยะทาง 727 กิโลเมตร (มีนาคม 2557 รวมทั้งก่อสร้างรถไฟรางคู่เส้นทางใหม่ ระยะทาง 465.5 กิโลเมตร ให้แล้วเสร็จ ซึ่งคาดการณ์ว่าจะเพิ่มประสิทธิภาพการขนส่งระหว่าง 2 เมืองที่ใหญ่ที่สุดของเกาะชวาได้มากกว่าร้อยละ 300 โดยปัจจุบันการขนส่งทางถนนระหว่างกรุงจากการ์ตากับสุราบายามีปริมาณ 2 ล้าน TEU ต่อปี อินโดนีเซยจึงต้องการปรับเปลี่ยนรูปแบบการขนส่งมาใช้ระบบราง โดยมีเป้าหมาย 1 ล้าน TEU ต่อปี ปัจจุบันรถไฟอินโดนีเซียมีประมาณการขนส่งสินค้าเพียง 200,000 TEU ต่อปี ในเดือน ธันว่าคม 2556 การรถไฟอินโดนีเซียได้ดำเนินการก่อสร้างรถไฟรางคู่ ช่วงเปกาลองกัน-เซมารับ และ้วเสร็จ และคาการณ์ว่าโครงการนี้จะช่วยเพิ่มสัดส่วนการขนส่งทางรถไฟจากร้อยละ เป็นร้อยละ 15 ของการขนส่งสินค้าทั้งหมดภายในปี 2573 การดึงดูดให้มีการขนส่งทางรถไฟเพิ่มขึ้นจะเกิดจากการ
เชื่อมต่อโครงข่ายเข้าท่าเรือในกรุงจากการ์ตา ซีเรบอน เซมารัง และสุราบายา โครงการรถไฟเป็นหนึ่งในโครงการสำคัญที่บรรจุในแผนแม่บทฯ การลงทุนดังกล่าวรัฐบาลอินโดนีเซียไม่ได้หวังผลตอบแทนทางการเงิน ในการลงทุนเกี่ยวกับรถไฟนอกจากทางรถไฟ จะมีการปรับปรุงให้เป็นระบบรถไฟฟ้าและปรับปรุงสถานี ทั้งนี้รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคมของอินโดนีเซียระบุว่า ดครงการรถไฟมีความสำคัญในทุกพื้นที่แม้จะเป็นพื้นที่ที่มีประมาณจราจรไม่มากนัก เนื่องจากรัฐจำเป็นต้องเชื่อมโยงพื้นที่ดังกล่าวกับพื้นที่อื่นๆ ที่มีความเจริญมากกว่า การลงทุนโครงสร้างพื้นฐานสำคัญในอินโดนีเซียจะดำเนินการโดยภาครัฐหรือรัฐวิสาหกิจแต่ก็มีการเปิดให้รัฐบาลท้องถิ่นร่วมลงทุนกับรัฐบาลกลางภาคเอกชนจะเข้ามารมีบทบาทในการดำเนินการหรือให้บริการจากโครงสร้างพื้นฐานที่รัฐพัฒนาขึ้นด้วยข้อจำกัดด้านวบประมาณในอดีตที่ผ่านมารัฐบาลอินโดนีเซียใช้ความระมัดระวังมากในการค้ำประกันเงินกู้สำหรับการดำเนินโครงการการที่ภาครัฐไม่พิจารณาบริหารความเสี่ยงเป็นรายโครงการและการไม่ให้ความคุ้มครองหรือให้การสนับสนุนในทำนองเดียวกันกับที่รัฐบาลประเทศอื่นทำให้นักลงทุนภาคเอกชนปฏิเสธหรือชะลอการลงทุนออกไปดังนั้นในการพัฒนาตามแผนแม่บทฯ
นอกจากการลงทุนโครงสร้างพื้นฐานของภาครัฐ รัฐบาลอินโดนีเซียได้ริเริ่มการส่งเสริมเอกชนร่วมลงทุนในโครงการรถไฟ 3 วิธีการ ดังนี้
- การร่วมลงทุนระหว่างภาครัฐกับเอกชนในรูปแบบสัมปทาน เป็นรูปแบบที่ภาครัฐจัดให้มีทางรถไฟและเปิดให้ภาคเอกชนเข้ามาให้บริการเดินรถ โดยมีการให้สัมปทานการให้บริการขนส่งมวลชนซึ่งมีเงื่อนไขในการแข่งขันว่าผู้เสนอราคาที่ขอรับการสนับสนุนจากภาครัฐน้อยที่สุดจะได้รับการคัดเลือกในรูปแบบนี้ภาครัฐจะให้สนับสนุนทางการเงิน 2 ประเภทคือ กระทรวงการคลังให้การสนับสนุนผ่านกองทุน โดยจะนำเงินในกองทุนมาชดเชยส่วนที่เอกขนต้องขาดทุนจากการควบคุมราคาค่าโดยสารทำให้การดำเนินการไม่คุ้มค่าในเชิงพาณิชย์และรัฐบาบค้ำประกันเงินกู้ผ่านกองทุนค้ำประกันโครงสร้างพื้นฐานของอินโดนีเซีย สำหรับโครงการที่ได้รับการสนับสนุนจากแหล่งเงินทุนภาคเอกชนภายในประเทศและต่างประเทศ
- การจัดตั้งเขตเศรษฐกิจพิเศษ หรือเขตการต้าเสรี ซึ่งมีการจูงใจทางภาษีสำหรับการลงทุนโครงสร้างพื้นฐานของภาคเอกชนใพื้นที่ที่กำหนด โดยมีการบังคับใช้มาตรการทางกฎหมายที่ผ่นปรนมากกว่าพื้นที่อื่นๆ และการให้ความสะดวกเป็นกรณีพิเศษในการออกใบอนุญาตต่างๆ ผ่านหน่วยงานบริหาร
- การออกใบอนุญาตสำหรับโครงการโครงสร้างพื้นฐานของภาคเอกชนที่มีวัตถุประสงค์พิเศษ บริษัทเอกชนจะได้รับอนุญาตให้พัฒนาโครงสร้างพื้นฐานโดยใช้งบประมาณของตัวเองโดยต้องดำเนนินการตามาตรฐานด้านความปลอดภัยและด้านความมั่นคงที่รัฐกำหนดวิธีนี้จะดึงดูดบริษัทที่มีปริมาณการขนส่งสินค้าปริมาณมากระหว่างแหลงผลิตและแหล่งบริโภคเช่นในกิจการเหมืองแร่ การดำเนินงานตามแผนแม่บทฯ จะเน้นการลงทุนซึ่งจะส่งผลต่อภาคอุตสาหกรรมภายใประเทศ ตัวอย่างเช่น มีการระบุว่าร้อยละ 85 ของผลผลิตของโครงการก่อสร้างต้องใช้วัสดุภายในประเทศ หรือร้อยละ 90 ต้องจัดซื้อจัดจ้างจากบริษัทเอกชนภายในประเทศ อย่างไรก็ตาม ในบางโครงการก็ได้เปิดให้ใช้ความเชี่ยวชาญจากต่างประเทศด้วย (มติชนออนไลน์. "หัวร่อมิได้ ร่ำให้มิออก! ประเทศไทยคว่ำ 2ล้านล้าน อินโดฯเดินหน้า 14 ล้านล้าน.)