ตารางกิโลเมตร เกือบหนึ่งในสี่ของพื้นดินทั้งหมดของโลก เป็นผลให้มรดกทางการเมือง, กฎหมาย, ภาษาและวัฒนธรรมของอังกฤษแผ่ขยาย ในยุคที่จักรวรรดิบริติชรุ่งเรื่องที่สุด มักใช้คำวลี "ดวงอาทิตย์ไม่เคยตกดินในจักรวรรดิบริติช" เพราะดินแดนที่มีอยู่ทั่วโลกทำให้ดวงอาทิตย์ยังส่องแสงอยู่ในดินแดนใต้ปกครองอย่างย้อนที่สุดหนึ่งแห่งตลอดเวลา
อังกฤษ เริ่มสนใจในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ภายหลังจากการเดินทางรอบโลก ของ เซอร์ ฟรานซิส เดรก และได้จักตั้งบริษัทอินเดียตะวันออกของตนแข่งกับฮอลันดา เพื่อ ผลประโยชน์ทางการค้าในหมู่เกาะอิสดีสตะวันออก แต่การลงทุน และระยะเวลาที่เข้ามามีน้อยกว่าฮอลันดา อังกฤษได้เข้ามา
ตั้งบริษัทอินเดียตะวันออกของตน เพื่อทำการค้าระหว่างจีนกับอินเดีย เมื่อการค้าก้วรหน้าขึ้น อังกฤษจึงต้องการดินแดนริมฝั่งทะเล เพื่อเป็นสถานีการค้าและเป็นฐานทัพ เรือของตน อังกฤษจึงสนใจมลายู และได้ดำเนินการเป็นขึ้นตอนเพื่อเข้าครอบครองมลายู ใน พ.ศ. 2329 อังกฟษ ได้ดำเนินการขอเช่าเกาะปีนังจากเจ้าเทืองไทนบุรี ซึ่งเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของไทยเวลานั้น ต่อมาได้ขอเช่าไทรบุรี และให้ชื่อว่ โพรวินส์ เวสลีย์ และได้เจรจาของเข่าเกาะสิงคโปร์ จากสุลต่านรัฐยะโฮร์ ซึ่งดินแดนดังกล่าวอยู่ภายใต้การดูแลของฮอลันดามาก่อน อังกฤษจึงต้องเจรจากับฮอลันดา ตกลงทะสนธิสัญญาลอนดอน สนธิสัญญาดังกล่าวเป็นการแบ่งอิทะิพล ระหว่างอังกฤษกับฮอลันดา คือ ฮอลันดาได้ครอบครองหมู่เกาะอินเดียตะวัน
ออก ในขณะที่อังกฤษครอบครองมะละกา ซึ่งเป็นของฮอลันดามาก่อน และอังกฤษต้องถอนตนออกจากเกาะสุมาตรา หลังจากนั้น อังกฤษได้รวม ปีนัง สิงคโปร์ และมะละกาเข้าด้วยกัน เรียกว่ สเตรทส์ เซทเทิลเมนส์ อยู่ภายใต้การควบคุมของบริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษ หลังจากที่อังกฤษเข้ายึดอินเดียย เป็นอาณานิคมแล้ว อังกฤษก็ให้ความสนใจดินแนในแหลมมลายูมาขึ้น โดยเข้าไปรักษาความสงบและข้าแทรกแซงกิจการภายในของรัฐต่างๆ จนเป็นอาณานิคมได้สำเร็จ รวมทั้งการเจรจาทำสนธิสัญญากับไทยในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเหล้าเจ้าอยู่หัว เพื่อขอไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู และปะลิส ซึ่งเป็นของไทย โดยอังกฤษจะยอมเลิกสิทธิสภาพนอกอาณาเขต และให้รัฐบาลไทยกู้เงิน 4 ล้านปอนด์ เพื่อสร้างทางรถไฟสายใต้ หลังจากอังกฤษ ได้ครอบครองดินแดนในแหลมมลายูแล้ว อังกฤษได้ครอบครองดินแดนอื่นๆ คือ บอร์เนียว บรูไนส์ และพม่า โดยที่อังกฤไษด้ทำสงครามกับพม่าถึง 3 ครั้ง และได้ชัยชนะตลอด จนพม่าตกเป็นอาณานิคมของอังกฤษ
สหภาพมาลายา เป็นสหพันธ์ของกลุ่มรัฐมลายูและอาณานิคมช่องแคบ รวมทั้งสิงคโปร์ ซึ่งสืบทอดมาจากลุ่มอาณานิคมบริติชมาลายาสหภาพแห่งนี้ถูกจัดขึ้นเพื่อรวมสูนย์การปกครองของรัฐต่างๆ ที่อยู่บนคาบสมุทรมลายูให้อยู่ใต้รัฐบาลเดียวกัน เพื่อให้เกิดความสะดวกในการบริหารจัดการ สหภาพมลายาเป็นรูปแบบการปกครองที่อังกฤษเสนอขึ้นเพื่อใช้ปกครองอินแดนมลายู่เป็นอาณานิคม
ช่วยให้เรือสำเภาทั้งจากตะวันตกและตะวันออกสามารถแล่นถึงกันได้ตลอดทั้งปี เมื่อมหาอำนาจตะวันตกยึดเมืองมะละกา สุลต่านอาห์เหม็ด ชาห์ สุลต่านองค์ุดท้ายของมะละกาได้หนีไปยะโอร์และใช้ยะโฮร์เป็นฐานที่มั่นในการต่อสู้เพื่อชิงมะละกาคืมาแต่ไม่เป็นผลจึงหนีไปเปรัคและสวรรคต พระโอรสองค์โต สุลต่าน มุซาฟาร์ ชาห์ ได้ก่อตั้งเมืองใหม่ในปีเดียวกันที่เปรัคซึ่งเป็นเมืองที่อุดมด้วยดีบุก และพระโอรสองค์รอบสุลต่านอัลเลาะด์ดิน ไรยัท ชาห์ ตั้งมั่นอยู่ที่ยะโฮร์และสถาปนาอาณาจักรใหม่ขึ้นที่ริมฝั่งแม่น้ำยะโฮร์ ได้ขยายอำนาจขึ้นเป็นจักรวรรดิครอบครองยะโฮร์ สิงคโปร์และหมู่เกาะรีเยา และเป็นศูนย์กลางการค้าแห่งใหม่แทนมะละกา การล่มสลายของจักรวรรดิมะละกาและยะโฮร์ทำให้มหาอำนาจทั้งในและนอกภูมิภาคผลัดเปลี่ยนกันเข้ามาครอบครองคาบสมุทรมลายู
อังกฤษเป็นมหาอำนาจตะวันตกชาติสุดท้าย ต่อจาก โปรตุเกศและเนเธอร์แลนด์ที่เข้าครอบครองคาบสมุทรมลายู การครอบครองรัฐต่างๆ ของอังกฤษแบ่งออกเป็น 3 แบบ คือ อาณษนิคมช่องแคบ สหพันธ์รัฐมลาย และรัฐนอกสหพันธ์มลาย ซึ่งแต่ละแบบมีวิธีการที่แตกต่างกัน แต่ส่วนใหญ่อาศัยการแทรกแซงทางการเมืองซึ่งมีความขัดแย้งกันอยู่เป็นทุนเดมและแสวงหาแนวร่วมด้านผลประโยชน์ กล่าวคื อคาบสมุทรมลายูประกอบด้วยรัฐน้อยใหญ่มากมาย อาทิ ยะโฮร์ เซลังงอร์ เปรัค ปาหัง ตรังกานู แแต่ละรัฐมีผู้ปกครองของตน ทำให้คาบสมุทรมลายูไม่มีความเป็นเอกภาคในการปกครองและขาดเสถียรภาพทางการเมือง อังกฤษอาศัยจุดอ่อนนี้ในการครอบครองรัฐต่างๆ อย่างค่อยเป็นค่อยไปแม้จะใช้เวลาที่ยาวนานแต่ก็สามารถครอบครองคาบสมุทรมลายูได้อย่างเบ็ดเสร็จ
อาณานิคมช่องแคบ คืออาณานิคมของจักรวรรดิอังกฤษในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ประกอบด้วยดินแดนที่เป็นรัฐปีนัง ดินดิง รัฐมะละกา สิงคโปร์ และบาบวนในปัจจุบัน อาณานิคมแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ.2369 โดยในตอนแรกเป็นเพียงส่วนหนึงของอินแดนที่อยู่ในความควบคุมของบริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษ ต่อมาได้กลายเป็นอาณานิคมอยู่ภายใต้การปกครองของรัฐบาลสหราชอาณาจักรอย่างเต็มตัว และได้รับเอกราชภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 2
อาณานิคมแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นตามสนธิสัญญาระหว่างอังกฤษกับเนเธอร์แลนด์ ซึ่งเป็นข้อตกลงในการแบ่งเขตอิทธิพลในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ภาคพื้สมุทรระหว่างทั้งสองประเทศ ซึ่งเจตของอังกฤษจะอยู่ทางเหนือ และเขตของเนเธอร์แลนด์จะอยู่ทางใต้โดยมีการและเปลี่ยนดินแดนระหว่างกัน คืออังกฤษจะต้องยกนิคมในเบงคูเลนทางภาคตะวันตกของเกาะสุมาตราให้กับเนเธอร์แลนด์โดยและกกับมะละกาและสิงคโปร์ ทำให้เมืองหลวงของอาณานิคมย้ายจากเากะปีนังมาสิงคโปร์
ในปี พ.ศ.2410 นิคมดังกล่าวำด้กลายเป็นอาณานิคมอย่างเต็มตัว โดยอยู่ภายใต้การปกครองของสำนักงานอาณานิคมในกรุงลอนดอนแทนที่จะขึ้นตรงกับรัฐบาลประจำอินเดียในกัลกัตตา เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ รัฐบาลอังกฤษได้ตราธรรมนูญประจำอาณานิคม โดยให้อำนาจแก่ข้าหลวงแห่งนิคม ซึ่งบริหารกิจการของอาณานิคมโดยได้รับคามช่วยเหลือจากสภบริหารและสภานิติบัญญัติ
ดินดิงซึ่งเป็นดินแดนที่ประกอบด้วยพื้นที่ชายฝั่งและหมู่เกาะทางตะวันตกของรัฐเประก์ ได้กลายเป็นของอังกฤษตามสนธิสัญญาปังโกร์ แต่ดินแดนดังกล่าวก็ไม่ทำประโยชน์ให้แก่อังกฤษมากนัก
พรอวินซ์เลส์ลีย์ซึ่งเป็นพื้นทางชายฝั่งตะวันตกของรัฐเกดะห์ที่อยู่ตรงกันข้ามกับเกาะปีนังและมีอาณาเขตทางใต้ติดต่อกับรัฐเประก์ ได้กลายเป็นของอังกฤษ โดยเขตแดนทางเหนือและทางตะวันออกที่ติดต่อกับรัฐเกดะห์นั้นได้กำหนดตามข้อตกลงที่ทำกับสยาม ดินแดนแห่งนี้ถูกปกครองโดยเจ้าหน้าที่ซึ่งขึ้นตรงต่อหน่วยงานในเกาะปีนัง พื้นที่ส่วนใหญ่ของพรอวินซ์เลลส์ลีย์เป็นที่ราบที่อุดมสมบูรณ์ โดยมีประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวมลายู โดยมีชาวจีนและชาวทมิฆซึ่งเป็นแรงงาน รวมทั้งผู้คนที่เกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรมน้ำตาลและอุตสาหกรรมการเกษตรอื่นๆ อาศัยอยู่จำนวนหนึ่ง พื้ประมาณหนึ่งในสิบเป็นเนินเตี้ยๆ ซึ่งเต็มไปด้วยป่าทึบ พื้นที่นี้ผลิตข้าวเป็นจำนวนมากในแต่ละปี
อาณานิคมช่องแคบประกอบด้วย 3 ส่วน คือ ปีนัง ดินดิงส์ และโพรวินซ์ เวลเลสลีย์ พื้นที่ีชายฝั่งตะวันตกของรัฐเกดะห์ซึ่งอยู่ตรงข้ามกับเกาะปีนัง มะละกา และสิงค์โปร์ต่อมาเมืองจึงรวมลาบวน บนเกาะบอร์เนียวไว้ในอาณานิคมช่องแคบในท้ายที่สุดอาณานิคมช่องแคบอยู่ในสังกัดสำนักงานอาณานิคมในกรุงลอนดอนและเรียกดินแดนเหล่านี้ว่า คราวน์ โคโลนีย์ โดยอังกฤษส่งข้าหลวง มาปกคอรงบริหารรัฐเหล่านี้โดยขึ้ตรงกับกษัตรย์อังกฤษ
ปีนัง เป็นเกาะอยู่ทางฝั่งตะวันตกของคาบสมุทรมลายู มีชื่อเรียกหลากหลาย เช่น เกาะหมาก(ในภาษาไทย) ปูเลา ปีนัง (ภาษามาลายู) และพรินซ์ออฟเวลล์(ในภาษาอังกฤษ) ปีนังเป็นอาณานิคมแห่งแรกของอังกฤษในคาบสมุทรมลายู อังกฤษเริ่มแข้ามาเกาะปีนังในปี ค.ศ. 1771 ขณะนั้นปีนังเป็นส่วนหนึ่งของเกดะห์ บริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษ เจรจากับสุลต่านมูฮัมหมัด จีวาแห่งเกดะห์เพื่อของการจัดตั้งสภานีการค้าแห่งในปีนัง ในช่วงนั้นเกดะห์ หรือไทรบุรีเป็นเมืองขึ้นของสยามและต้องส่งบรรณาการแก่สยามทุกปี สุลต่านจึงยอมให้อังกฤษจัดตั้งสถานีการต้าเพื่อแลกกับการคุ้มครองจากอังกฤษ ปีนังจึงเป็นรัฐแรกที่ถูกอังกฤษครอบครองและจัดตั้งเป็นสภานีการค้าแห่งแรกของอังกฤษในคาบสมุทรมลายู
สิงคโปร์ ข้าหลวงอังกฤษคิดหาสถานที่ที่เหมาะสมเพื่อจัดตั้งสถนีการค้าแห่งใหม่และเพื่อคานอำนาจของฮอลันดา จึงออกสำรวจและเดินทางถึงสิงคโปร์ และมีความเห็นว่าสิงคโปร์มีทำเลที่ตั้งเหมาะสมจะเป็นสูนย์กลางการค้าของอังกฤษในภูมิภาคนี้ ขณะนั้นเกาะสิงคโปร์เป็นเพียงหมู่บ้าชาวประมงเล็กๆ ตั้งอยู่บนปากแม่น้ำสิงคโปร์ และเป็นส่วนหนึ่งของยะโฮร์ อังกฤษเจรจากับสุลต่าน อับดุล ราห์มาน มอสแซน แห่งยะโฮร์เพื่อจัดตั้งสถานีการค้าบนเกาะสิงคโปร์แต่ถูกปฏิเสธ ทั้งนี้เพรราะยะโฮร์อยู่ภายใต้อำนาจของฮอลันดาและยูกส ต่อมาอังกฤษได้สืบทราบว่าการที่สุลต่าน อับดุล ราห์มาน มอสแซน ได้ครองราชย์เป็นเพราะพระเชษฐา ตนกูฮุสเซน ชาห์ หรือตนกูลอง ซึ่งมีสิทธิ์ในการครอบครองราชย์ไม่ประทับอยู่ที่ยะโฮร์ในขณะที่อดีตสุลต่านสวรรคต จึงเสียสิทธิ์ในการครองบัลลังก์ เซอร์แรฟเผิลจึงได้สมคบกับตนกูฮุสเซน ชาห์ ซึ่งถูกเนรเทศไปยู่ที่รีเยาให้กลับมาเป็นสุลต่านแห่งยะโฮร์ ช่วยให้อังกฤษสามารถครอบครองสิงคโปร์ บริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษและสุลต่านฮุสเซน ซาห์ ได้ลงนามอย่างเป็นทางการเพื่อขอใช้เกาะสิงคโปร์ เมื่ออังกฤษได้จัดตั้งอาณานิคมช่องแคบซึ่งประกอบด้วย ปีนัง ดินดิงส์ มะละกา และสิงคโปร์ ได้กำหนดให้สิงคโปร์เป็นศูนย์กลางการต้าและการปกครองของอาณานิคมช่องแคบ
มะละกา อังกฤษและฮอลันดาตกลงที่จะแลกเปลี่ยนผลประโยชน์ในคาบสมุทรมลาู โดยอังกฤษยกเบนคูเลน ซึ่งอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของเกาะสุมาตราให้กับฮอลันดาและฮอลันดามอบมะละกาให้แก่อังกฤษเป็นการตอบแทน
รัฐในอารักขาของอังกฤษ รัฐในอารักขาคือ รัฐซึ่งมีเอกราชและอิสรภาพในการปกครองตนเอง มีผู้ปกครองเป็นคนในท้องที่ แต่ยอมอยู่ภายใต้การคุ้มครองของประเทศอื่นซึ่งเข้ามแข็งกว่าทั้งนี้ก็เพื่อเป็นการป้องกันภัยจากประเทศที่สาม รัฐในอารักขามักจะมอบสิทธิพิเศษทางการค้าและอนุญาตให้ผู้คุ้มครองเข้าใช้อินแดนบางส่วนในรัฐของตนเพื่อเป็นการตอบแทนความคุ้มครอง
สหพันธรัฐมาลายา เป็นสหพันธรัฐที่จัดตั้งขึ้นจากรัฐมลายูและดินแดนต่างรวม 11 รัฐ ซึ่งดำรงอยู่ประกอบด้วยรัฐมลายู 9 รัฐ และดินแดนในอาณานิคมช่องแคบที่ปีนังและมะลกา รวม 2 แห่ง สหพันธรัฐแห่งนี้มีฐานะเป็นรัฐในอารักขาของสหราชอาณาจักร แต่ต่อมาก็ได้มีการประกาศเอกราช และจัดตั้งเป็นประเทศมาเลเซียในเวลาต่อมา สหพันธ์รัฐมลายาประกอบด้วยรัฐเซลังงอร์ เปรัค ปาหัง และเนกรี แซมบิลัม ก่อนที่จะมีการจัดตั้งสหพันธรัฐมลายา แต่ละรัฐมีสุลต่านเป็นผู้ปกครอง และอังกฤษส่งข้าหลวงประจำ เพื่อดูแลการต้าและผลประโยชน์ของอังกฤษในรัฐต่างๆ รวมทั้งให้คำปรึกษาสุลต่านใด้านการเก็บภาษีอากร เมื่อมีการรวมรัฐทั้งสี่และจัดตั้งเป็นสหพันธรัฐมลายาในปี ค.ศ. 1895 จึงได้แต่งตั้ง ข้าหลวงใหญ่ เป็นผู้ปกครองสูงสุดของสหพันธรัฐมาลายูรวมถึงอาณานิคมช่องแคบ การได้มาซึ่งรัฐในสหรัพธ์รัฐมลายามีดังนี้
เซลังงอร์ ในศตวรรษที่ 19 เซลังงอร์มีความสำคัญทางเศรษฐกิจเนื่องจากได้สำรวจพบแหล่งแร่ดีบุกอีกท้้งยังเป็นแผล่งผลิตยางพาราที่สำคัญ ในช่วงนี้เองมีชาวจีนอพยพเข้ามาอยู่เข้ามาขายแรงงานในเซลังงอร์เป็นจำนวนมาก ชาวจีนเหล่านี้ได้รวมตัวกันอย่างลับๆ และร่วมมือกับชนชั้นผู้นำเพื่อควบคุมเหมืองดีบุก ในระหว่างความขัดแย้งได้ลุกลามเป็นสงครามกลางเมืองซ่งเป็นการต่อสู้ระหว่างผู้ปกครองเซลังงอร์และผู้ปกครองเมืองแคลงเพื่อยึดครองผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจและการปกครอง ซึ่งรู้จักกันในนาม สงครามกลางเมืองเซลังงอร์หรือสงครามแคลง เหตุการณ์นี้เปิดช่องให้อังกฤษซึ่งในขณะนันมีบทบาทในเศรษฐกิจของเซลังงอร์ยื่นข้อเสนอให้สุลต่านแห่งเชลังงอร์ยอมรับให้มีข้าหลวงอังกฤษประจำเซลังงอร์เพื่อให้ความช่วยเหลือในการยุติความขัแย้งและสงครามแลางเมือง หลังจากที่เซลังงอร์กลับข้าหวงอังกฤษประจำเซลังงอร์ เพื่อให้ความช่วยเหลือในการยุติความขัดแย้งและสงครตามกลางเมือง หลังจากที่เซลังงอร์กลับเข้าสู่สภาวะปกติข้อหลวงประจำของอังกฤษเซอร์แฟรง สเวทเทนแฮม ได้ประสานให้มีการรวมเซลังงอร์ เนเกรี เซมบิแลน เปรัค และปาหัง เพื่อจัดตั้งเป็นสหพันธรัฐมาเลย์ โดยมีเมืองหลวงอยู่ที่เมืองกัวลาลัมเปอร์ในเซลงงอร์
เปรัค เปรัคก่อตั้งหลังจากที่อาณาจักรมะละกาล่มสลาย โดยาชบุตองค์โตของสุลต่าน อาห์เหม็ด ชาห์ สุลต่านองค์สุดท้ายแห่งมะละกา คือ สุลต่าน มุซาฟาร์ ชาห์ เนื่องจากเปรัคอุดมด้วยแร่ดีบุก จึงเป็นที่หมายปองของรัฐต่างๆ ทั้งในและนอกภูมิภาค ในศตควรรษที่ 19 บูกิส อาเจะห์และสยสมต่างพยายามที่จะครอบครองเปรัค ในขณะนั้นอังกฤษได้เข้ามามีอิทธิพลในคาบสมุทรมลายู โดยได้ครอบครองปีนัง มะละกา และสิงคโปร์ และหมายที่จะครอบครองเปรัคเช่นกัน อังกฤษจึงเข้ามาแทรกแซงการรุกรานดังกล่าวทำให้เปรัคสามารถรอดพ้นจากการเป็นเมืองขึ้นของสยาม
ต่อมาเกิดการแย่งชิงสัมปทานเหมืองแร่ระวห่างชาวจีน 2 กลุ่มในเปรัค สุลต่านแห่งเปรัคไม่สามารถปราบปรามได้ เนื่องจากเกิดการแย่งชิงบัลลังก์ในราชสำนักสุลต่าน ราชามุดา อับดุลลาห์ ได้มีสาสน์ถึงข้าหลวงใหญ่ของนิคมช่องแคบแสดงความจำนงค์ยินยอมให้เปรัคอยู่ในอาณัติของอังกฤษหากช่วยให้เขาได้ครองบัลลังก์ ทั้งสองได้พบกันที่เกาะปังกอร์ เพื่อลงามในสนธิสัญญาเพื่อให้อังกฤษช่วยรักษาความสงในรัฐเปรัค และสนับสนุนให้ราชามุดา อับดุลลาห์เป็นสุลต่านอับดุลลาห์ มูห์หมัด ชาห์ ที่ 2 แทนสุลต่าน อิสเมล มอบิดดิน ไรยัท ชาห์ โดยเปรัคยอมให้อังกฤษส่งข้าหลวงมาประจำ อีกทั้งมอบสิทธิในการครอบครองอินดิงส์ และเกาะปังกอร์ ให้แก่อังกฤษ
ปาหัง เป็นรัฐที่มีพื้นที่ใหญ่ที่สุดบนคาบสมุทรมลายูเป็ฯรัฐเก่าแก่ของไทย เคยมีคนไทยเป็ฯเจ้าอมืองมาแต่โบราณ ก่อนหน้านี้ปาหังเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรศรีวิชัย แต่หลังจากอาณาจักรศรีวิชัยได้ล่มสลายในปี ค.ศ. 1000 ปาหังถูกครอบครองโดยอาณาจักรมัชปาหิต ต่อมาโดยสยาม และสุดท้ายโดยจักรวรรดิมะละกา
เนเกรี เชมบิลัน อยู่ในสภาวะความขัดแย้งทางการเมืองมาตลอด สาเหตุเนื่องจากเนเกรี เซมบิลันเป็นรัฐที่ก่อตั้งโดยชาวมินังคาเบาจากเกาะสุมาตราในศตวรรษที่ 15 ในช่วงแรกเนเกรี เซมบิลันอยู่ภายใต้การปกครองของสุลต่านแห่งยะโฮร์ ต่อมายะโฮร์อ่อนกำลังลงเนื่องจากถูกบูกิสโจมตี เนเกรี เซมบิลันจึงหันพึ่งสุมาตราซึ่งเป็นเชื้อสายเดียวกัน สุมาตราได้ส่ง ราชาเมเลวาร์ มาครองเนเกรี เซมบิลัน แต่เมื่อมาถึงปรากฎว่าราชาคาทิบ ได้ตั้งตนเป็นผู้ปกครองเนเกรี เซมบิลันเรียบร้อยแล้ว ในที่สุดราชาเมเลวอร์ได้ขึ้นครองรชย์ในปี 1773 โดยการรับรองของสุลต่านแห่งยะโฮร์โดยแต่งตั้งให้เป็น ยังดีปอตวนอากงแห่งเนเกรี เซมบิลัน และเมื่อราชาเมลาวาร์สิ้นพระชนม์ทายาทของราชาเมเลวาร์และราชาคาทิบก็ต่อสุ่เพื่ออ้างสิทธิ์ในบัลลังก์ การต่อสู้ลุกลามเป็นสงครามกลางเมืองอังกฤษจึงถือเป็นข้ออ้างในการส่งกองกำลังเพื่อรักษาผลประโยชน์ของอังกฤษในเมืองซันไกอูจง และส่งข้าหลวงมาประจำต่อมา ยึดเมือง เจเลบู และยึดเมืองที่เหลือได้ทั้งหมด
บอร์เนียวเหนือ เป็นรัฐในอารักขาในการดูแลของบริษัทบอร์เนียวเหนือของอังกฤษ และเปลี่ยนชื่อเป็นอาณานิคมของสหราชอาณาจักรโดยใช้ชื่อว่าบอร์เนียวเหนือของอังกฤษ จนถึงปี ค.ศ.1963 บอร์เนียวเหนือตั้งอยู่ทางตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะบอร์เนียว ซึ่งก็คือรัฐซาบะฮ์ในปัจจุบัน
บรูไน เป็นที่รู้จักและมีอำนาจมากในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 14 -คริสต์ศตวรรษที่ 16 โดยมีอาณาเขตครอบครองส่วนใหญ่ของเกาะบอเนียวและส่วนหนึ่งของหมู่เกาะซูลู มีชื่อเสียงทางการค้า สินค้าส่งออกที่สำคัญในสมัยนั้นคือ การบูร พริกไทยและทองคำ หลังจากนั้นบรูไนเสียดินแดนและเสื่อมอำนาจลงเนื่องจากสเปนและฮอลันดาได้แผ่อำนาจเข้ามา กระทั่งคริสต์ศตวรรษที่ 19 ด้วยความวิตกว่าจะต้องเสียดินแดนต่อไปอีก บรูไนจึงได้ยินยิมเข้าอยู่ภายใต้อารักขาของอังกฤษ และต่อมายอมลงนามในสนธิสัญญายินยิมอยู่เป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษอย่างเต็มรูปแบบ
รัฐนอกสหรัพธรัฐมลายา ประกอบด้วย รัฐยะโฮร์ และรัฐที่เป็นเมืองขึ้นของสยาม การครอบครองรัฐเหล่านี้อาศัยวิธีการดังนี้
ยะโฮร์ เป็นหนึ่งในสองรัฐที่สามารถขยายอำนาจเป็นจักรวรรดิในช่วงที่ฮอลันดาเริ่มแผ่อิทธิพลเข้ามาในคาบสมุทรมลายูจักรวรรดิยะโฮร์-รีเยา-ลิงกะ ประกอบด้วยดินแดนในอาณัติ 4 ส่วน คือ มัวร์ ปาหัง รีเยา และยะโฮร์ซึ่งรวมถึงสิงคโปร์ แต่ละส่วนมีผู้ปกครองที่ได้รับการแต่งตั้งจากสุลต่านซึ่งประทับอยู่ในลิงกะ จักรวรรดิยะโฮร์เรื่องอำนาจในช่วงปลายศตวรรษที่ 16 ถึงศตวรรษที่ 17 แต่เมืองขึ้นต้นศตวรรษที่ 18 ก็เริ่มเสือมอำนาจลงเนื่องจากถูกรุกรานโดยบูกิสและมินังกาเบา นอกจากนี้ความเสื่อมถอยของราชสำนักสุลต่านยังเป็นผลมาจากการแทรกแซงของอังกฤษโดยเริ่มต้นจากเซอร์แรฟเฟิล สแตมฟอร์ด ในการสนับสนุนให้ตนกูฮุสเซน ชาห์ ครองราชย์แทนสุลต่าน อับดุล ราห์์มาน มอสแซน โดยมุ่งหวังที่จะขอเช่าเกาะสิงคโปร์จากยะโฮร์เพื่อจัดตั้งเป็นสถานีการค้าในปี 1819 ในปีนี้เองจักวรรดิแยกเป็น 2 ส่วน คือ อาณาจักยะโฮร์ ซึ่งปกครองโดยชาวเตเมงกองและรัฐสุลต่านรีเยา-ลิงกะซึ่งปกครองโดยบูกิส การแทรกแซงของอังกฤษมากขึ้นตามลำดับจนกระทั่งราชสำนักอ่อนกำลัง ประจวบกับในปลายศตวรรษที่ 19 มีการก่อสร้างเส้นทางรถไฟเพื่อเชื่อมต่อยะโฮร์กับสหพันธรัฐมลายาทำให้ยะโฮร์ต้องยอมอังกฤษ โดยอังกฤษส่งข้าหลวงมาประจำและกลายเป็นส่วนหนึ่งของอาณานิคมอังกฤษในที่สุด
รัฐที่เป็นเมืองขึ้นของสยาม ได้แก่
- เกดะห์ ซึ่งไทยเรียกว่า ไทรบุรี มีพรมแดนติดต่อจังหวัดสงขลาของไทย ไทรบุรีอยู่ภายใต้อิทะิพลของอาณาจักรศรีวิชัย และต่อมาเป็นเมืองขึ้นของไทย ดังที่กล่าวมาแล้ว ไทรบุรียอมให้อังกฤษเช่าเกาะปีนัง เพื่อแลกกับการคุ้มครองจากอังกฤษเพื่อให้หลุดพ้นจากการเป็นเมืองขึ้นของสยาม
- กลันตัน เป็นรัฐที่มีพรมแดนติดต่อกับจังหวัดนราธิวาสของไทย เป็นเมืองขึ้นเก่าแก่ของไทย กลันตันหลุดจากการเป็นเมืองขึ้นของไทย และต่อมาเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิมะละกา แต่เมื่อโปรตุเกสครอบครองมะละกากลันตันอยูาภายใต้อาณัติของปัตตานี และกลับมาอยู่ในอาณัติของประเทศไทย
- ตรังกานู เป็นรัฐอิสระที่มีสุลต่านซึ่งสืบเชื้อสายจากยะโฮร์เป็ฯผู้ปกครอง ในช่วงนี้การเมืองในตรังกานูถูกครอบงำโดยยะโฮร์ และตกเป็ฯประเทศราชของสยามและส่งเครื่องราชบยรรณาการมาถวายทุกปี
- เปอร์ลิส ซึ่งไทยเรียกว่า ปะลิส เป็นรัฐที่มีพรมแดนติดต่อกับจังหวัดสตูลและสงขลาของไทย ในอดีตเปอร์ลิสเป็นส่วนหนึ่งของรัฐเกดะห์ซึ่งผลัดกันปกครองโดยอาเจะห์และสยาม หลังจากที่เคดาห์กลับมาเป็นของไทย เนื่องจากอังกฤษเกรงว่าผลประโยชน์ของตนในเปรัคจะถูกคุกคาม มีการลงนามในสนธิสัญญเบอร์นีย์ โดยอังกฤษยมอรับว่ารัฐทั้งสี่ในภาคเหนือของคาบสมุทรมลายู เป็นส่วนหนึ่งราชอาณาจักรสยาม และสยามยอมรับว่าอังกฤษเป็ฯเจ้าของเกาะปีนัง อีกทั้งให้สิทธิ์อังกฤษในการค้าขายในกลันตันและตรังกานู ผลของสนธิสัญญานี้ทำให้ สุลต่าน อาห์เหม็ด แห่งเกดะห์ ซึ่งถูกเนรเทศและต่อต้านสยามถึง 12 ปี จำยอมรับเง่อนไขและกลับมาครองบัลลังก์ หลังจากนั้นสยามได้แยกเปอร์ลิสออกจากเกดะห์
สนธิสัญญาเบอร์นีย์สิ้นสุดลงเมื่ออังกฤษและไทยได้ลงนามในสนธิสัญญาแองโกล-สยาม หรือสนธิสัญญากรุงเทพ ซึ่งเป็นการแลกเปลี่ยนดินแดนระหว่างกัน โดยอังกฤษยกเมืองสงขลา ยะลา ปัตตานี และนราธิวาสให้เป็นของสยาม และอังฏฟษได้เมืองเกดะห์ กลันตัน และตรังกานู ส่วนเปอร์ลิสและสตูลซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของรัฐเกดะห์ ให้เปอร์ลิสเป็นของอังกฤษ ส่วนสตูลเป็นของสยาม รัฐเหล่านี้ก่อนได้รับเอกราชแม้จะมีสุลต่านเป็นผู้ปกครองแต่มีข้อหลวงอังกฤษทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาให้แก่สุลต่าน
(www.tri.chula.ac.th/.. "การครอบครองคาบสมุทรมลายูของมหาอำนาจตะวันตก")
(www.th.wikipedia.org/..,ประเทศบรูไน.., รัฐในอารักขา.., เบอร์เนียว.., สหพันธรัฐมลายา.., นิคมช่องแคบ.., จักรวรรดิบริติช.)
(http//site.google.com/.., "เอเชียใต้)