ช่วงคริสตศตวรรษแรกมีการติดต่อค้าขายระหว่างจีนตอนใต้กับหมู่เกาะอินโดนิเซีย ชาวฮินดูจากอินเดียตะวันออกเฉียงใต้ อพยพเข้ามาในอินโดนีเซีย และนำภาษาสันสกฤต และภาษาปัลวะ เข้ามเผยแพร่ซึ่งต่อมาได้วิวัฒนาการเป็นภาษา ชวาเก่า ชวาใหม่ และอักษรอินโดนิเซียอื่นๆ การหลังไหลเข้ามาในอินโดนิเซียของชาวฮินดู ดำเนินไปอย่างต่อเนื่องกระคริสตศตวรรษที่ 7 ทำให้อิทธิพล และความเชื่อถือในลัทธิต่างๆ ได้ขยายวงกว้างออกไปโดยเฉพาะในหมู่ชนชั้นสูง ซึ่งในที่สุดได้ปสมปสานกลืนกลายเป็วัฒนธรรมประจำชาติ วัฒนธรรมส่วนใหญ่ที่ชาวอินโดได้รับจากชาวฮินดู ได้แก่ สถาปัตยกรรมการปันรูป วรรณคดี คนตรี นาฏศิลป์ และการเล่นพื้นบ้าน ซึงอยู่ในบาลีและลอมบอร์กตะวันตก
พ.ศ.643-743 พุทธศษสนาฝ่ายมหายาน และฝ่ายเถรวาท จากอินเดียได้เริ่มเผยแผ่ดข้ามาในอินโดนิเซีย ในระยะแรกๆ ไม่ได้รับความสนใจกระทั้งสมัยอาณาจักรศรีวิชัย พุทธศาสนาจึงได้รุ่งเรืองมากขึ้น ในปี พ.ศ.1215 โดยมีศูนย์กลางที่เมืองเลมบังในเกาะสุมาตรา และชวาตอนกลาง และเร่ิมเสื่อมลงเมื่อสิ้นสุดอิทธิพลของอาณาจักรศรีวิชัย
พ.ศ.1389 ชาวอาหรับได้เดินทางมาถึงสุมาตรา ครั้งแรกเป็นพวกพ่อค้า กระทั้ง ปีพ.ศ. 1493 พ่อค้าเหล่านี้ได้นำศาสนาอิสลามาเผยแพร่ โดยในระยะแรกตั้งศูรย์กลางเผยแพร่ศสนาขึ้นทางตอนเหนือของเกาสุมาตรา จากนั้นจึงขยายออกไปทั่วประเทศ
สมัยอาณาจักรมอสเลม เมื่ออาณาจักรฮินดูเริ่มตกต่ำระหว่างปี พ.ศ.2050-2063 อาณาจักรมอสเลมก็เริ่มรุ่งเรืองขึ้นในชวาตอนกลาง สุมาตรา สุลาเวสี กาลิมันตัน จนถึงอิเรียนตะวันตก และมีผลให้ภาษามาเลย์ซึ่งชาวมุสลิมบริเวณนี้ใช้อยู่ได้แพร่ขยายออำปและกลายเป็นภาษาประจำชาติของอินโดนีเซียในระยะนั้นด้วย
เมืองจาการ์ตายังเป็นเมืองเล็กๆ บนเกาะชวา มีชื่อว่าซุนดาเคลาปา ต่อมาเมืองนี้ได้ถูกนายพลฟามาเตอีนแห่งอาณาจักรเดมัด ยึดได้ จึงให้เปลี่ยนชื่อเป็น "จาการ์ตา" ซึ่งหมาขถึงสถานที่แห่งชัยชนะ ซึ่งเป็นชัยชนะต่อชาวโปตุเกส
พ.ศ. 2164 ฮอลแลด์ได้เข้ามายึดครองอินโดนีเซีย อินโดนนีเซียตกอยู่ในฐานะอาณานิคมของฮอลเลแนด์(ฮอลแลนด์ตั้งบริษัท United Dutch East India Company)เมื่อปี พ.ศ.2145) การทำสงครามต่อต้านฮอลแลนด์ได้เริ่มขึ้น เมื่อปี พ.ศ. 2209 โดยสุลต่านฮานุดดิแห่งโกลา แต่ประสบความล้มเหลว และต้องเซ็นสัญญายอมแพ้ในปี พ.ศ. 2310 ในปี พ.ศ.2233-2367 บริษัท ส่งทหารเข้าควบคุมหมู่เกาะโมลุกัส (มาลูกู) เพื่อเข้าควบคุมการค้าเครื่องเทศในระยะเวลาเดียวกันได้ปรากฎมีชาวอังกฤษเข้ามาตั้งถ่ินฐานอยู่ในเมืองเบวกูเลน นนฝั่งตะวันตกของเกาะสุมาตรา และได้มีการสร้างป้อมค่ายขึ้น ในระยะนี้ชาวอังกฟษยังไม่มีบทบามมากนัก ในปี พ.ศ. 2283 ชาวจีนที่อาศัยอยูในจากการ์ตาได้ทำการต่อต้านชาวดัตช์เนื่องจากไม่พอใจที่ถูกเอารัดเอเปรียบทั้งในด้านเศรษฐกิจ และในด้านอื่นๆ ชาวอินโดนีเซียได้เข้าร่วมในการต่อต้านครั้งนี้ด้วย แต่ไม่สามารถเอาชนะได้ เป็นผลให้ชาวจีนถูกชาวดัทช์สังหารมากกว่าหมื่นคน
นับตั้งแต่อินโดนีเซียตกอยู่ภายใต้การปกครองของฮอลแลนด์ ชาวอินโดนีเซียได้ลุกขึ้นต่อต้านการปกครองของฮอลแลนด์หลายครั้ง แต่ไม่สามารถเอาชนะได้ มีการจัดตั้งสมาคม Budi Utom (ความบากบั่นอันสูงส่ง) ขึ้นในปี 2451 โดยร่วมกันก่อตั้งพรรคกากรเมืองขึ้นหลายพรรค เพื่อเป็นข้อต่อรองในการเรียกร้องเอกราชจากฮอลแลนด์ ปี พ.ศ.กลุ่มนักศึกษา ได้ตั้งสมาคมนักศักษาอินโดนีเซีย โดยมี ดร.โมฮัมหมัดอัตตาเป็นหัวหน้า ได้จัดตั้งองค์การสหพันธ์ โดยรวมพรรคการเมืองของอินโดนีเซียทั้งหมดเข้าด้วยกันในปีเดียวกัน ดร.ซูการ์โน และบุคคลชั้นน้ำอีกหลายคนได้ร่วมกันจัดตั้งพรรคชาตินิยมอินโดนีเซียขึ้น และใช้ภาษาบาฮาซา อินโดนีเซียเป็นภาษากลางในกาติดต่อ ประสานงสานสนับสนนุนโยบายที่จะไม่ให้ความร่วมมือใดๆ แก่เจ้าหน้าที่ฝ่ายปกครองของฮอลแลนด์ การเคลื่อหไหวดังกล่าวได้รับการสนับสนุนอย่างกว้างขวางในกลุ่มเยาวชนและทำให้เกิดองค์การยุวชนขึ้นในท้องถ่ินต่างๆ
ในระหว่างสงครามมหาเอเซียบูรพา กองทัพญี่ปุ่นได้เข้ายึดครองอินโดนีเซียในระหว่างปี พ.ศ. 2485-2487 กองทัพญี่ปุ่นพยายามเอาใจชาวอินโดนีเซียด้ยวยการปล่อยตัวผุ้นำทางการเมืองที่ถูกทางการฮอนแลนด์คุมขัง และเมื่อญี่ปุ่นแพ้สงครามในปี พ.ศ. 2488 ญี่ปุ่นไดเ้เปิดโดกาศให้ชาวอินโดนีเซียในการนพของ ดร.ซูการ์โน และ ดร.โมฮัมหมัด ฮัตตา ประกาศอิสระภาพของอินโดนีเซีย เมื่อปี พ.ศ. 2488 พร้อมกับประกาศหลักการแห่งรัฐห้าประการ(ปัญจศีล)..
อินโดนีเซียได้ประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับแรก เมื่อปี พ.ศ. 2488 และได้เลือกตั้ง ดร.ซูการ์โน เป้นประธานาธิบดี และ ดร.โมฮัมหมัด ฮัตตา เป็นรองประธานาธิบดีหลังจากที่ได้ประกาศอิสระภาพได้ไม่นาน ฮอลแลนด์พยายามกลับเข้ายึดคีองอินโดนีเซียอีก ทำให้เกิดการสู้รบอย่างรุนแรงบนเกาะสุมาตรา เหตุจากการนองเลือดดังกล่าว อินโดนีเซียจึงประกาศใช้นโยบายสันติและเป็นมิตรกับทุกประเทศ และแสวงหาการสนับสนุนจากอังกฤษ และตกลงเซ็นสัญญาโดยฮอนแลนด์ยอมรับรองอธิปไตยของอินโดนีเซียเหนือเกาะชวา มาดุราและสุมาตรา แต่ฮอนแลนด์ไม่ยอมปฏิบัติตามสัญญา กลับสงทหารเข้ายึดครองอินโดนีเซีย และจับกุมประธานาธิบดีและรองประธานาธิบดีไปควบคุมตัวไว้ในปี พ.ศ. 2492 ประเทศในเอเซียรวม 19 ประเทศ ได้ร่วมประชุมกันที่กรุงนิวเดลฮี เพื่อเรียกร้องให้คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ บังคับให้ฮอลแลนด์ ปล่อยตัวนักโทษการเมือง ของอินโดนีเซียทั้งหมด และมอบอธิปไตยให้อินโดนีเซีย ภายในปี พ.ศ.2493 สหประชาชาติได้ตกลงให้มีการหยุดยิงในอินโดนีเซีย และให้ฮอลแลนด์ ปล่อยตัวนักโทษการเมือง ของอินโดนีเซียทั้งหมด และมอบอธิปไตยให้อินโดนีเซีย ภายในปี พ.ศ. 2493 สหประชาชาติได้ตกลงให้มีการหยุดยิงในอินโดนีเซีย และให้ฮอลแลนด์ปล่อยตัวผุ้นำทางการเมืองทั้งหมด กับจัดให้มีการประชุมขึ้นที่กรุงเฮก เนเธอร์แลนด์ในปี พ.ศ. 2492 จากการประชุมครั้งนั้น ทำให้อินโดนีเซีย ได้รับเอกราชอย่างสมบูรณ์ เมื่อ 27 ธันวาคม 2492 ยกเว้นเกาะอิเรียนตะวันตก ยังคงอยู่ในการปกครองของเนเธร์แลนด์